DNA 标记方案——点击寡核苷酸和 DNA 的化学标记
点击化学是一种多功能反应,可用于合成各种缀合物。事实上,任何生物分子都可以使用点击化学方法轻松地用小分子标记,例如荧光染料、生物素等。
点击化学反应发生在两种组分之间: 叠氮化物和炔烃(末端乙炔)。叠氮基和炔基在天然生物分子中几乎从未遇到过。因此,该反应具有高度生物正交性和特异性。如果需要标记寡 核苷酸,可以在许多定制寡核苷酸合成设施和公司订购炔烃修饰的寡核苷酸。
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使用下表计算点击化学标记所需的试剂体积。准备所需的储备溶液(见附录)。
试剂 混合物中的最终浓度 原液浓度 炔烃修饰寡核苷酸 变化(20 — 200 uM) 各不相同 叠氮化物 1.5 x(寡核苷酸浓度) 10 mM DMSO 溶液 二甲基亚砜 50体积% — 抗坏血酸 0.5毫米 5 mM 水中 铜-TBTA络合物 0.5毫米 10 mM,溶于 55 vol% DMSO -
将炔烃修饰的寡核苷酸或 DNA溶解在耐压小瓶中的水中。
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添加2M 醋酸三乙铵缓冲液(pH 7.0)至终浓度 0.2 M。
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添加DMSO,并涡旋。
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添加叠氮化物储备溶液(DMSO 中的 10 mM),并涡旋。
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将所需体积的 5mM 抗坏血酸储备溶液添加到混合物中,并短暂涡旋。
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通过向其中鼓泡惰性气体 30 秒来对溶液进行脱气。可以使用氮气、氩气或氦气。
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将所需量的 10 mM 铜 (II)-TBTA 库存在 55% DMSO 中添加到混合物中。用惰性气体冲洗小瓶并盖上盖子。
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涡旋混合物。如果观察到明显的叠氮化物沉淀,则将小瓶在 80°C 下加热 3 分钟,然后涡旋。
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在室温下保存过夜。
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用丙酮(对于寡核苷酸)或乙醇(对于 DNA)沉淀结合物。
沉淀寡核苷酸缀合物:
向混合物中添加至少 4 倍过量体积的 3% 高氯酸锂丙酮溶液(如果混合物体积很大,则分成几个小瓶)。
沉淀 DNA 缀合物:
向混合物中添加乙酸钠至终浓度0.3M;
添加 2.5 体积的乙醇(或 0.8 体积的异丙醇)。
充分混合并在-20°C下保持20分钟。
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10000 rpm 离心 10 分钟。
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丢弃上清液。
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用丙酮 (1 mL) 洗涤沉淀,以 10000 rpm 离心 10 分钟。
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弃去上清液,干燥沉淀,并通过 RP-HPLC 或 PAGE 纯化缀合物。